
Pan es un género de primates homínidos que comprende las especies Pan troglodytes (chimpancé común) y Pan paniscus(bonobo o chimpancé pigmeo). Por estudios de genética e inmunología se ha podido datar la divergencia entre su línea evolutiva y la de Gorilla hace 7-8 millones de años y de la de Homo hace unos 6 millones de años. Las dos especies actuales se separaron de un último ancestro común hace unos 2 millones de años, tras quedar aisladas una de la otra por el río Congo. Los seres humanos comparten el 96% del genoma con el chimpancé.
Al contrario que su historia genética, la historia fósil de los chimpancés es por ahora un misterio. Sólo se conocen algunos dientes hallados recientemente en la zona este del Gran Valle del Rift, pertenecientes a Pan troglodytes u otra especie de Pan aún innominada, que tienen una antigüedad de 500.000 años. En aquella época esa zona de África oriental ya era una sabana, mientras que estos animales sólo se encuentran actualmente en las selvas de África occidental.
El género Pan se considera parte de la subfamilia Homininae, que engloba también al género Homo. Las dos especies de chimpancé son las más cercanas a Homo Sapiens entre las actuales. Mediante la comparación del genoma humano con el del chimpancé, se ha determinado que el ancestro común de las tres especies existió hace entre unos cinco y siete millones de años y la divergencia entre el chimpancé común con el bonobo se produjo hace unos 2 millones de años.
La divergencia con el género Gorilla tuvo lugar hace aproximadamente 10 millones de años, mientras que los linajes de los orangutanes y gibones se separaron hace más de 15 millones de años.
El examen conjunto de los genomas del gorila, el chimpancé y el hombre, demuestra que las dos últimos son más similares en un 70% del genoma, pero en el 30% restante presentan más parecidos con las secuencias correspondientes del gorila que con las mutuas. Esta separación incompleta de linajes podría ser un efecto del corto tiempo transcurrido, en términos relativos, entre la divergencia de las tres especies. También podría deberse en parte a cruces entre los ancestros de los gorilas y los de los seres humanos por un lado, y los de los chimpancés por otro, en tiempos antiguos.
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